主人公
本作の主人公。ハクジタウン出身の少年/少女。前作アルタイル・シリウスでホウエンチャンピオンとなり今作でトーホク地方に帰ってきた。
ライバル
主人公のライバルであるポケモンレンジャーの見習い。ヒイラギ博士からセキュア・スタイラーをジャッキーに届けて欲しいと頼まれる。主人公とともにリープン・ファマー・アクタシのどれか1匹を貰いヒスイシティに向かうことになる。名前はプレイヤーが自由に決める事が可能だが、候補として用意されているのは「ナツユキ」「カズヒロ」「マサト」「タクヤ」。スフィア遺跡でテツカブリをくれる。
ヒイラギ博士
主人公の父親。オダマキ博士とは友人関係にある。トーホク地方に帰ってきた主人公にホウエン大災害の影響で生態が変わってしまったポケモンの調査を任せ、リープン、ファマー、アクタシのどれか1匹とポケモン図鑑を託した。主人公がトーホク地方でもチャンピオンになると更に拡大したエリアの調査を任せる。主人公がD・H団幹部・ナバリに人質にとられたとき、すぐに駆けつけ主人公と引き換えにセキュア・スタイラーを奪われてしまう。
モスギス
このシリーズに登場する長髪で片目が隠れてる、帽子を被ってる、謎のポケモントレーナー。
ストーリーにおいて、悪戯っ子のような行動や、特徴的話し方が目立つ。
だが正体は、ホウエン地方の四天王の一人。
趣味は落書きと悪戯。色んなところ(看板etc)に落書きをしている。
ポケットモンスターベガでは主人公の部屋のスーパーファミコンにささってるカセットの裏に、「どうも もす です。」と落書きしているようだ。
カズキ/ミドリ
前作でのライバル。オダマキ博士の甥/姪。主人公で選ばなかった方の性別となる。今作ではストーリーに絡んでこないが、殿堂入り後に氷の島で戦うことになる。スフィア遺跡で修行を積み、主人公が来るのを氷の島でずっと待っていた。
ユウキ
エメラルドとアルタイル・シリウスで登場した伝説のポケモントレーナー。
ハルカ
エメラルドとアルタイル・シリウスで登場したオダマキ博士の娘であり、カズキ/ミドリの従弟/従妹。
ジャッキー
主人公と初めて会った時に目の前にネメアが現れ深淵を見せられ主人公に襲いかかってしまう。スフィア遺跡でマナフィをくれる。