ハクジタウン
白く染まるはじまりの町。ベガのストーリーが始まる最初の町。
- 主人公の家
二階から下りるとお母さんから新しいラン二ングシューズとトーホク地方のタウンマップを貰える。
- ヒイラギ研究所
ヒイラギ博士がポケモンの研究を行っている研究所。リープン・ファマー・アクタシのどれか1匹とポケモン図鑑を貰える。
アヤメシティ
優しさがかおる小さな町。
- ポケモンセンター
- フレンドリィショップ
- アヤメシティジム
ジムリーダーはむしポケモン使いのアマナ。
- ポケモントレーナーズスクール
ミルシティ
心が騒ぐ不思議な町。
- ポケモンセンター
- フレンドリィショップ
- ミルシティジム
ジムリーダーはじめんポケモン使いのナギナタ。
- 心の館
かつては人が住んでいたが、今はミルシティのものとなっている大きな館。やみを好むポケモンがいる。殿堂入り後、エリアが拡大する。
- ミル博物館
シンオウ地方とアラモスタウンでとれたデータをもとに再現された伝説のポケモン・ディアルガとパルキアの模型が展示してある。
- 姓名判断師の家
シオウシティ
技術の風が吹く町。
- ポケモンセンター
- フレンドリィショップ
- シオウシティジム
ジムリーダーはみずポケモン使いのキリ。
- リム研究所
預かりシステムの管理やカセキなどを扱う施設。ヒイラギ研究所と並びトーホクの頭脳と呼ばれる。
- ボードショップカゼノ
店主のカゼノはホウエン地方・キンセツシティのサイクルショップカゼノの店主の弟。条件を満たすとダブルボードが手に入る。
- わざマニアの家
アーシア島
古き伝説が残る場所。空気はおいしく綺麗な島で、トーホクの女の子が行きたい場所ナンバー1らしい。条件を満たすと伝説のポケモン・ルギアとホウオウが出現する。
- ポケモンセンター
- D・Hビル
ナバリ曰く、主人公に潰されても痛くも痒くも無いただのビル。殿堂入り後、全てのエリア調査を終えた後に最奥のワープパネルから離れの孤島にワープできるようになる。
- アーシアデパート
- ゲームコーナー
アーシア島の娯楽施設で、スロットゲームを遊び手に入れたコインでポケモンやわざマシン、アイテムを景品として交換することができる。
- フルーラの家
ヒスイシティ
ポケモンレンジャーが集う町。ポケモンレンジャーの拠点・レンジャーベースがある。ライバルはこの町の出身。
- ポケモンセンター
- フレンドリィショップ
- ヒスイシティジム
ジムリーダーはノーマルポケモン使いのハンザ。
- サファリゾーン
ヒスイシティの娯楽施設で、たくさんの珍しいポケモンを見学する事ができる。ポケモン取りが大人気。殿堂入り後エリアが拡大して御三家までもが出現する。
- ライバルの家
- なつき度をチェックしてくれるお姉さんの家
オウニシティ
ネット配信が盛んな町。ポケモン放送局がある。北側で係員によるバッジのチェックが行われ、1つでも足りないと先へは進めない。
- ポケモンセンター
- オウニシティジム
ジムリーダーはくさ・ひこうポケモン使いのモクとレン。
- ダークタワー
D・H団の活動の拠点のひとつとなっている塔。情報が集まっている。最上階にてD・H団幹部・ナバリが主人公を人質にし、ヒイラギ博士からセキュア・スタイラーを奪ってしまう。条件クリア後最上階にシンオウ地方の幻のポケモン・ダークライが現れる。殿堂入り後エリアが拡大し、オウニシティのジムリーダー・モクとレンと再度戦闘することになる。
- 食堂
オーナーはモスギス。アルトマーレの食堂の2号店。
カラスバシティ
空気が澄み渡る清き町。ポケモンふれあい広場がある。ミクリとダイゴを倒したあと広場にいたポリゴンと少女がいなくなっており、ポリゴンは時の洋館の入り口前に居つくようになる。(戦闘にはならない。)
- ポケモンセンター
- フレンドリィショップ
- カラスバシティジム
ジムリーダーはゴーストポケモン使いのサザンカ。
- 時の洋館
時間と空間を司る不思議な雰囲気の洋館。
- ポケモンふれあい広場
- 忘れオヤジの家
ラピスラシティ
寒いが心暖かな町。
- ポケモンセンター
- フレンドリィショップ
- ラピスラシティジム
ジムリーダーはエスパーポケモン使いのコナギ。
- D・H団アジト
ラピスラシティの地下に広がるD・H団のためのアジト。D・H団ボス・ターナーと初めて戦闘することになる。殿堂入り後エリアが拡大し、ラピスラシティのジムリーダー・コナギと再度戦闘することになる。
- ポケモン大好きクラブ
- 教えマニアの家
- レイカの家
前作『アルタイル・シリウス』に登場したフエンタウンのジムリーダー・レイカの実家。
ニューアイランド
立ちはだかる最後の難関。常に嵐が吹き荒れる。
- ポケモンセンター
- フレンドリィショップ
- ニューアイランドジム
ジムリーダーはコピーポケモン使いのミュウツー。
- ポケモン城
ニューアイランドの中央に堂々とそびえ立つ。ミュウツーのために建てられた城とも呼べる建物。ニューアイランドジムはポケモン城の中にある。D・H団壊滅後、伝説のポケモン・ネメアと戦闘できる。殿堂入り後エリアが拡大し、ミュウツーからジムリーダーの座を奪われた本当のニューアイランドのジムリーダー・スレナが修行をしているので戦うことになる。そして全国図鑑完成後、ここでD・H団のボス・ターナーと最終決戦を迎える。
- 休憩所
- スレナの家
シャクドウ島