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HTML5でのheaderタグの使い方。

headerタグのイメージ

コンテンツの先頭にくる部分。一般的にはページ全体の最初の部分（ロゴやサイトタイトル）等に使われるが、仕様書的にいうと、例えばブログの一つの記事の先頭部分（タイトルなど）に使われてもよいらしい。
作ったHTMLが文法的に正しいか気になる人はhttp://validator.w3.org/を使ってみてください。

headerの使い方

ページ全体のheader部分（ロゴやサイトのタイトルなどの部分）が一つしかない場合

この部分に関しては、headerタグがそのページで１つしか存在しない場合、HTML部とCSS部は以下のようにする。
HTML部

<header>
<h1>サイトタイトル</h1>
</header>

CSS部

header{
 background: #000;
}

もし、header内に様々な部分（ロゴ領域やサイトタイトル、ナビゲーション等）ができる場合はdivを使う。
HTML部

<header>
<div id="logo"><img src="logo.gif" width="100" alt="ロゴ"></div>←alt属性はHTML5で書くよう要求されている。
<div id="header_title">サイトタイトル</div>←header部分にくるタイトルとして、このようにしましたが、どんな名前でもいいです。
</header>

CSS部

/*headerタグ部分開始*/
header{
プロパティ名:値;
}
#logo{
プロパティ名:値;
}
#header_title{
プロパティ名:値;
}
/*headerタグ部分終了*/

というように書く。 つまり、headerの中に<header id="hoge">というものを入れてはいけないということ。headerの中にheaderは入れてはいけません。

ページ全体の中でheaderタグが二つ以上ある場合。

この場合はheaderの中にid属性などを付けて行う必要があります。
１、ページの上部にくるheader部分

<header id="header">
いろいろ書いて・・
</header>

何でもよいのですが、headerと書いた方が、多くの人がページ全体のヘッダーだと認識すると思うのでこれでいいです。
２、ページ全体のheader以外で先頭にくる部分（ブログの記事部分の先頭にくるものなど）

<header class="article_header">←一つのページのブログの記事内容が２つある場合もあるのでクラスにしました。一ページにつき１つしかなければidでもいいです。
色々書いて・・・（でも記事のタイトルだけだと思うけど）
</header>

と書いておけば、サイト全体のヘッダー部分と差別化できます。

自分のコードをいざチェック http://validator.w3.org/